حسین رونقی ملکی درتاریخ ۲۲ آذر ماه ۱۳۸۸ همراه برادرش حسن رونقی ملکی در منزل پدری‌اش در شهر ملکان در آذربایجان شرقی بازداشت شد. بازداشت برادر وی به خاطر اعمال فشار بر روی وی برای اخذ اعتراف و قبول اتهامات صورت گرفت. رونقی و برادرش در زندان شدیداً تحت فشارهای جسمی و روحی قرار گرفتند، تا جایی که بنا بر گفتهٔ خانواده‌اش حسن رونقی ملکی در اثر شکنجه‌ها از ناحیه مهره‌های پشت گردن آسیب دید. برادر وی یک ماه بعد با قرار وثیقه‌ای ۸۰ میلیون تومانی از زندان آزاد شد.
در تاریخ ۲۴ اسفند ماه ۱۳۸۸ روزنامه کیهان با انتشار گزارشی در مورد وی اتهامات سنگینی را متوجه این وبلاگ‌نویس کرد. در این گزارش وی متهم به اقدام علیه امنیت ملی و ارتباط با سازمان‌های خارج از کشور و پول گرفتن از آنان متهم شده بود
تداوم فشارها بر روی وی در سلول‌های انفرادی برای اخذ اعتراف تلویزیونی موجب آن شد که رونقی در تاریخ سوم خرداد ماه ۱۳۸۹ دست به اعتصاب غذا زده و بار دیگر به سلول انفرادی منتقل شود. پس از اعتصاب غذایش پدر و مادر این وبلاگ‌نویس برای پیگری وضعیتش به تهران مراجعه کردند اما هیچ خبری از فرزندشان به دست نیاورده و مسئولین قضایی پاسخی به آن‌ها ندادند. در پی شنیدن جواب منفی برای ملاقات حضوری از سوی دادستان تهران، مادر حسین رونقی همزمان با فرزندش تصمیم به اعتصاب غذا گرفت تا این که وی پس از نزدیک به دو هفته اعتصاب غذای خود را شکست.
حسین رونقی در مرداد ماه ۱۳۸۹ بار دیگر برای انجام مصاحبه تلویزیونی شدیداً تحت فشار قرار گرفت به طوری که مجبور شد بار دیگر به مدت نزدیک به ۱۰ روز دست به اعتصاب غذا بزند. این امر موجب قطع تماس‌های تلفنی وی از سوی بازجویان با خانواده‌اش شد.
درتاریخ هفتم شهریور۱۳۸۹، با مخالفت بخش «سایبری سپاه» قرار بازداشت موقت حسین رونقی بعد از نزدیک به ۱۰ ماه بازداشت برای یک ماه دیگر تمدید شد، این در حالی بود که برای وی وثیقه‌ای معادل ۳۰۰ میلیون تومان نیز به دادگاه ارائه شده بود، اما قاضی پیر عباسی ریاست شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب به خاطر مخالفت اطلاعات سپاه از آزادی وی جلوگیری کرد.
اتهامات و حکم ویرایش
با گذشت ۱۰ ماه از بازداشت حسین رونقی ملکی در بند ۲ الف زندان اوین سرانجام در تاریخ ۱۳ مهر ماه ۱۳۸۹ حکم ۱۵ سال حبس تعزیری برایش از سوی شعبه ۲۶ دادگاه انقلاب صادر و به وی ابلاغ شد و وی به خاطر امتناع از امضای حکم مورد ضرب شتم رئیس دفتر و مأموران همراه قرار گرفت. به همین علت وی در تاریخ ۱۵ مهر ۱۳۸۹ برای سومین بار در طول دورهٔ زندان در اعتراض به حکم خود دست به اعتصاب غذا زد که وضعیت وخیم جسمی‌اش را به دنبال داشت.
در تاریخ ۲۹ آبان ماه ۱۳۸۹ پرونده حسین رونقی که با اعتراض وکلایش مواجه شده بود به دادگاه تجدید نظر ارسال شد و درتاریخ ۱۰ آذر ۱۳۸۹ حکم ۱۵ سال حبس تعزیری حسین رونقی ملکی از سوی شعبه ۵۴ دادگاه تجدید نظر به تأیید رسید و به بند ۳۵۰ زندان اوین منتقل شد اتهامات وی در دادگاه «عضویت در شبکه ایران پروکسی، توهین به رهبری و توهین به رئیس جمهوری» عنوان شد.
زندان
حسین رونقی از ناراحتی کلیوی رنج می‌بردو با تشدید بیماری کلیوی حسین رونقی وضعیت وی رو به وخامت بود این در حالی است که علی‌رغم توصیه مسئولین بهداری زندان، نهادهای امنیتی به او اجازه نداده‌اند که به بیمارستان منتقل شود.
در اسفند ماه ۱۳۸۹ نهادهای امنیتی خانوادهٔ این وبلاگ‌نویس را تحت فشار قرار داده و حکم جلب مادر رونقی را به عنوان مطلع صادر کردند.
وی در تاریخ ۱۹ تیر ماه ۱۳۹۰ در نامه‌ای به دادستان تهران خواستار مرخصی استعلاجی خود شد. وی در این نامه نوشت: «بیش از سیزده میلیون تومان برای درمان نارسایی‌های کلیوی فقط برای بازگشت سلامتی من هزینه شده و عدم رسیدگی‌های ضروری و مراقبت‌های لازم نه فقط هزینه گزاف درمان و عمل جراحی را به هدر می‌دهد بلکه وضعیت جسمانی و سلامتی‌ام را نیز به سوی شرایط وخیم و خطرناک سوق می‌دهد. این امر نه فقط برای من که برای خانواده‌ام نیز غیرقابل تحمل است. به این دلیل هر چند تاکنون در برابر حکم ناعادلانه دادگاه سکوت کرده‌ام اما این بار به حکم وجدان و عقل در برابر به خطر افتادن سلامتی‌ام سکوت نمی‌کنم.»
رونقی در مرداد ماه ۱۳۹۰ نامه‌ای دیگر به دادستان تهران نوشت و طی آن از وضعیت بد خود و زندان و فشارهای نهادهای غیرقانونی در زندان سخن گفت: «آقای دادستان! یادتان هست گفتم شرایط دسترسی به تغذیه مناسب و دارو، کلینیک تخصصی و محیط‌های آرام برای استراحت من فراهم نیست. در مقابل شما چه گفتید؟ تنها پاسخ دادید که به دلیل مخالفت سپاه نمی‌توانید مرا به مرخصی اعزام کنید. یادتان هست در ملاقات‌های پیشین گفته بودید که اگر پزشکی قانونی با اعزام تو به مرخصی موافقت کند، تو را به مرخصی می‌فرستیم. بعد از صحبت‌های شما تحقیق کردم و دیدم که سه ماه قبل از اظهارات جنابعالی، پزشکی قانونی موافقت خویش را با اعزام من به مرخصی اعلام کرده و برای شما فرستاده بود همان وقت هم به شما گفتم که این نهادهای امنیتی هستند که تشخیص می‌دهند چه کسی و چگونه تحت درمان قرار گیرد.»
این نامه سبب شد که وی در تاریخ ۲۴ مرداد ماه ۱۳۹۰ مورد ضرب و شتم در زندان قرار بگیرد. بر اثر این ضرب و شتم وی به بیمارستان طالقانی در تهران منتقل شده و چندین ساعت را در بیهوشی به سر برد. رونقی در همان شب در حالی که از وضعیت مناسبی برخوردار نبود به زندان اوین بازگردانده شد و از داشتن مرخصی محروم بود.
حسین رونقی در تاریخ ۴ آبان ماه ۱۳۹۰ به دلیل عدم انتقال به موقع به بیمارستان و عدم مرخصی استعلاجی یک کلیه خود را از دست داد و تحت عمل مجدد قرار گرفت.
او در پی مداخله اطلاعات سپاه پاسداران در پرونده خود و ممانعت از دریافت مرخصی استعلاجی در آذر ماه ۱۳۹۰ دست به اعتصاب غذای نامحدود زد. سرانجام در تاریخ 5 تیر 1398 پس از تحمل نه سال و شش ماه حبس با از دست دادن یک کلیه و عفونت مثانه و مشکل پروستات و ستون فقرات به تشخیص پزشکی قانونی بعلت عدم تحمل حبس آزاد شد.
