وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران قصد دستگیری چند تن از نیروهای اطلاعات سپاه به منظور بازجویی از آن‌ها را دارد اما اطلاعات سپاه پیام داده که ضد اطلاعات سپاه مسوول تحقیق پرونده این افراد است و هرگونه اقدام نیروهای دیگر برای دستگیری این افراد، تهدید فیزیکی علیه سپاه پاسداران محسوب می‌شود.
از طرفی دیگر، وزارت اطلاعات اعتقاد دارد که نیروهای سپاه صلاحیت رسیدگی به پرونده ترور فخری‌زاده را ندارند و بسیاری از مشکلات امنیتی ایران در چند سال اخیر به دلیل ناآشنایی نیروهای سپاه با اصول اولیه عملیات اطلاعاتی و فساد گسترده در سپاه به وجود آمده است.
مقام‌های سپاه پاسداران انقلاب اسلامی اخیرا تلاش کرده‌اند تا مسایلی غیر از اشتباه انسانی نیروهای خود را در مساله حمله به کاروان محسن فخری‌زاده مطرح کنند. «رمضان شریف»، سخن‌گوی سپاه پاسداران روز ۱۵ آذر ۱۳۹۹ در بندرعباس گفت ترور محسن فخری‌زاده با دستگاه ماهواره‌ای انجام شده است. او هم‌چنین افزود در این ماجرا به «ایثار» پاسدارِ سرتیمِ حفاظت آن‌طور که باید پرداخته نشده است.
برخورد فیزیکی مأموران وزارت اطلاعات و سپاه سابقه دارد و در طی دو دهه اخیر مأموران این دو نهاد امنیتی چند بار با هم درگیر شده‌اند؛ برای نمونه، در جریان «جنبش سبز» سال ۱۳۸۸، زمانی که تعدادی از فعالان اصلاح‌طلب توسط اطلاعات سپاه دستگیر شدند و وزارت اطلاعات به تعدادی از این دستگیری‌ها اعتراض کرد، مأموران سپاه نیروهای وزارت اطلاعات را مورد ضرب و شتم قرار دادند.
هم‌چنین وزارت اطلاعات، سپاه را به همکاری با قاچاق‌چی‌ها در مناطق مرزی سیستان و بلوچستان متهم می‌کند و مأموران وزارت اطلاعات به دفعات در آن مناطق با مأموران سپاه برخورد کرده‌اند.
